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发酵工程是指采用现代工程技术手段，利用微生物的某些特定功能,为人类生产有用的产品，或直接把微生物应用于工业生产过程的一种新技术。

发酵工程的内容包括菌种选育、培养基的配置、灭菌、种子扩大培养和接种、发酵过程和产品的分离提纯（生物分离工程）等方面。

发酵工程的应用：

发酵工程以其生产条件温和，原料来源丰富且价格低廉，产物专一，废弃物对环境污染小和容易处理等特点，而在医药工业、食品工业、农业、冶金工业、环境保护等许多领域得到了广泛的应用，逐步形成了规模庞大的发酵工业。

• 在医药工业上的应用
  发酵工程在医药工业上的应用，成效十分显著，生产出了如抗生素、维生素、动物激素、药用氨基酸、核苷酸等。目前，常用的抗生素已达100多种，如青霉素类、头孢菌素类、红霉素类和四环素类。另应用发酵工程大量生产的基因工程药品有人生长激素、重组乙肝疫苗、某些种类的单克隆抗体、白细胞介素-2、抗血友病因子等。
  

• 在食品工业上的应用
  发酵工程在食品工业上的应用十分广泛，主要包括：
  第一、生产传统的发酵产品，如啤酒、果酒、食醋等，使产品的质量和产量得到明显提高。
  第二、生产食品添加剂。如L-苹果酸、柠檬酸、谷氨酸、红曲素、高果糖浆等。
  第三、单细胞蛋白的生产。

• 在农业上的应用
  微生物工程技术和产品为农业的发展提供了有利的支持，主要包括：生物农药（微生物杀虫剂、防治植物病害微生物）、生物除草剂、生物增产剂、食用菌。
  
  

• 在轻工业上的应用
  由微生物生产出许多种可用于轻工业加工的酶，主要类型如下：
  糖酶：α-淀粉酶、半乳糖酶、纤维素酶类等
  蛋白酶：碱性蛋白酶（用于洗涤剂、胶片银的回收、啤酒去浊）、酸性蛋白酶 （用于饮料、食品的冷藏、制作蛋白水解酶）、中性蛋白酶。